二缸和四缸柴油机在实际应用中的本质区别如下：

1.两者进气方式不同，四缸增压度更高；工作容积也不一样。多点电喷车全是四缸发动机，并且都是16L排量以上(除了微型汽车)，采用分层燃烧、均匀混合空燃比的概念，由于有涡流室+废气循环阀（HC）+i-VTC(智能可变配气相位调节系统)等装置使得每个汽缸吸入的混合气体更加均匀，着火稳定性好，噪音小，震动弱，寿命长，维修保养便利。而直列2冲程因为结构原因，散热面积小，升功率低，耗油大，效率低，温度特性差，尤其在持续爆炸消耗做功过程中会造成连杆螺栓拉伸永久变形导致曲轴报废或受损（俗称“抱瓦”）,甚至出现飞边敲击缸体及活塞脱顶事故。

2.运行效果不同，影响冷启动困难与磨损的对策不同。主要是由于四冲程引擎采用稀薄燃烧技术，它需要吸入较浓的混合气才能正常燃烧，自然进气时就会带人许多未经充分氧化的新鲜气门口残余物，这些物质产生酸性物质溶解沉淀在油底壳的润滑部位上会堵塞该处的润滑表面，让各部件缺乏良好的润滑条件，尤其在船舱等密闭空间内，更易促使机械零件的腐蚀老化。另外，四冲程循环符合阿基米德第三定律，即任何机械必须不断地把输入的机械能转换为输出的机械能，否则它势必被破坏而停止运转。所以四冲程引擎必须设法改善进气状况来获得最佳空燃比，这就不仅仅是提高进气增压值那么简单了，还涉及进气道、进气门、排气门开闭时刻、气门重叠角乃至摇臂曲柄平衡块安放位置等一系列操纵问题。显然，这种复杂的进气管理方式是非常费劲的，所以通常只有豪华轿车或跑车才会使用，毕竟它们的马力大，扭矩高，足够驱动车辆爬坡及克服起步阻力。